در مورد نحوه تعامل با علوم انسانی موجود دیدگاه‌های خاصی در بین استادان دانشگاه وجود دارد. برخی به طور کامل علوم انسانی موجود را نفی می‌کنند و برخی دیگر خواستار تعامل سازنده‌تری با این علوم هستند.

دکتر خسرو باقری عضو هیات علمی دانشگاه تهران در پاسخ به مفهوم و ماهیت علوم انسانی گفت: یک علم انسانی اسلامی، به معنای معقول کلمه، از یک سو علم است و بنابراین باید ویژگی فرضیه‌ای داشته باشد و با شواهد تجربی به استواری برسد‌ و از سوی دیگر، اسلامی است، به این معنا که از پیش‌فرض‌های اندیشه اسلامی به عنوان بستر فرضیه‌پردازی استفاده می‌کند.

وی با اشاره به جایگاه پیش‌فرض‌ها و فرضیه‌ها در علوم انسانی افزود: این دو مقام پیش‌فرض‌ها و فرضیه‌ها را نباید با هم مخلوط کرد. تبدیل محتواهای متون اسلامی به فرضیه امری تناقض‌آمیز است و  تنها می‌توان از این متون، پیش فرض‌ها را برگرفت اما ساختن فرضیه‌ها کار دانشمند و آزمودن آن‌ها با تجربه است.

معاون پژوهشی دانشکده روانشناسی و علوم تربیتی دانشگاه تهران با اشاره به مقطعی نبودن پیگیری موضوع علوم انسانی اسلامی ابراز داشت: ضرورت فراهم آوردن علوم انسانی اسلامی به معنای معقول کلمه، امری مقطعی نیست بلکه ضرورتی ناظر به فضای علوم انسانی است از حیث نیاز به فراهم آوردن نظریه‌های پرتوان و نوظهور.

دکتر باقری در پاسخ به سوالی مبنی بر نحوه تداوم پی‌گیری موضوع علوم انسانی اسلامی گفت: علوم انسانی اسلامی را نمی‌توان تنها با استخراج از متون اسلامی سامان داد بلکه باید همان مسیری را پیمود که علوم انسانی معاصر پیموده‌اند یعنی این‌که با تکیه بر پیش‌فرض‌های فلسفی‌گونه به فرضیه‌پردازی و آزمون آن‌ها روی آورد.

وی در ادامه افزود: اگر پیش‌فرض‌هایی را از آموزه‌های اسلامی فراهم آوریم و به فرضیه‌پردازی بر اساس آن‌ها و آزمون این فرضیه‌ها همت بگماریم، حاصل کار را می‌توان علم اسلامی نامید. به علاوه،‌علوم انسانی اسلامی در تعامل با علوم انسانی معاصر می‌تواند تکوینیابد نه با نفی و حذف آن‌ها.